El nombre de Portocolom procede del latín "Portu Columbi" («puerto de paloma»), denominación que le dieron los romanos por la gran abundancia de estas aves que se criaban en ese lugar.

El puerto natural de Porto Colom ha servido de refugio a las embarcaciones desde la época romana. Ya en la Edad Media hay constancia de su utilización como puerto comercial pero, debido a los peligros del mar por los ataques de los piratas, el lugar permaneció poco habitado, solamente por algunos pescadores y los encargados de las atalayas defensivas construidas en el siglo xiv. Más tarde, en el siglo xvi, se levantó una torre de vigilancia en la entrada del puerto. El 1713 se construyó la batería de Cala Barbacana. A finales del siglo xviii, en vista a la gran actividad comercial, se crearon las primeras infraestructuras portuarias y de núcleo urbano; en 1854 se inauguró el edificio de la aduana.

Durante el último tercio del siglo xix se produjo el máximo apogeo del comercio vitivinícola con la exportación de caldos, principalmente a la ciudad francesa de Seta, y la mejora de las infraestructuras, pero la actividad comercial se suspendió drásticamente debido a la grave crisis de la filoxera.²​ No sería hasta 1947 y 1960 cuando se reemprendió el comercio. Paralelamente a la actividad comercial, hubo siempre una actividad pesquera, que se incrementó en 1908 con la introducción de las barcas de arrastre.